⑴ 引物設計的、軟體有哪些有什麼優點和缺點

引物設計相關軟體！
NoePrimer 2.03 獨特的引物設計軟體
Primer Premier 6.0 DEMO 序列分析與引物設計，非常棒的一個軟體。
Oligo 7.36 Demo 引物設計分析著名軟體，主要應用於核酸序列引物分析設計軟體。
Primer D'Signer 1.1 免費的引物設計輔助軟體，專門用於pASK-IBA和pPR-IBA表達載體，簡化引物設計工作。
Array Designer 4.25 Demo DNA微陣列（microarray）軟體，批量設計DNA和寡核苷酸引物工具。
Beacon Designer 7.80 Demo 實時熒光定量PCR分子信標(Molecular beacon )及TaqMan探針設計軟體。
NetPrimer java語言寫成的免費引物設計軟體，用IE打開運行。
TGGE-STAR DOS軟體，PCR結合梯度凝膠電泳實驗引物設計軟體。
e-PCR 2.3.9 電子克隆是一種電腦軟體，用來識別DNA序列標簽位點（STSs)。
FastPCR 6.0.165b2 快速設計各種類型PCR引物，還包括一些常用的DNA與蛋白序列軟體工具；
OligoMaster 1.0.164 多用戶寡核苷酸管理軟體，可建立寡核苷酸資料庫
PerlPrimer v1.1.19 一個免費的用來設計引物的開源軟體。
AmplifX 1.5.4 設計與管理引物的軟體。
AutoDimer 1.0 快速篩選二聚體引物軟體。
MutaPrimer 1.00 用於定點突變的引物設計桌面工具軟體
ORFprimer 1.6.4.1 JAVA語言設計的引物設計軟體
Primer Prim'er 5.6.0 Flash製作的PCR引物設計軟體。
PCR Analyzer 1.0 實時RT-PCR反應中估算初始擴增子濃度軟體
在線工具
DNAWorks 3.0 是一個幫助進行基因合成的設計寡核苷酸序列的免費程序。 程序僅需要輸入一些簡單的信息，比如，目標蛋白的氨基酸序列及合成核酸序列的溫度。程序輸出的為適合所選擇生物表達的優化密碼子的核酸序列。利用DNAWorks的幫助，用兩步PCR法，可以成功合成長度達到3000鹼基對的基因。原始網站。
The Primer Generator 在線引物設計程序。
Primer 3 比較有名的在線引物設計程序。
Primo Pro 3.4 在線PCR引物設計java系列軟體。
Web Primer 斯坦福大學提供的在線引物設計軟體。
AutoPrime 快速設計真核表達實時定量PCR引物在線軟體 .

一般性引物自動搜索可採用「Premier Primer 5」軟體，而引物的評價分析則可採用「Oligo 6」軟體。

附上兩款軟體使用方法！
Primer Premier 5.0 的使用技巧簡介
1. 功能
「Premier」的主要功能分四大塊，其中有三種功能比較常用，即引物設計( )、限制性內切酶位點分析( )和DNA 基元(motif)查找( )。「Premier」還具有同源性分析功能（ ），但並非其特長，在此略過。此外，該軟體還有一些特殊功能，其中最重要的是設計簡並引物，另外還有序列「朗讀」、DNA 與蛋白序列的互換（ ）、語音提示鍵盤輸入（ ）等等。
有時需要根據一段氨基酸序列反推到DNA 來設計引物，由於大多數氨基酸（20 種常見結構氨基酸中的18 種）的遺傳密碼不只一種，因此，由氨基酸序列反推DNA 序列時，會遇到部分鹼基的不確定性。這樣設計並合成的引物實際上是多個序列的混和物，它們的序列組成大部分相同，但在某些位點有所變化，稱之為簡並引物。遺傳密碼規則因物種或細胞亞結構的不同而異，比如在線粒體內的遺傳密碼與細胞核是不一樣的。「Premier」可以針對模板DNA 的來源以相應的遺傳密碼規則轉換DNA 和氨基酸序列。軟體共給出八種生物亞結構的不同遺傳密碼規則供用戶選擇，有纖毛蟲大核（Ciliate Macronuclear）、無脊椎動物線粒體（Invertebrate Mitochondrion）、支原體（Mycoplasma）、植物線粒體（Plant Mitochondrion）、原生動物線粒體（Protozoan Mitochondrion）、一般標准（Standard）、脊椎動物線粒體（Vertebrate Mitochondrion）和酵母線粒體（Yeast Mitochondrion）。
2. 使用步驟及技巧
「Premier」軟體啟動界面如下：
(轉載的時候就沒有圖)
其主要功能在主界面上一目瞭然（按鈕功能如上述）。限制性酶切點分析及基元查找功能比較簡單，點擊該功能按鈕後，選擇相應的限制性內切酶或基元（如-10 序列，-35 序列等），按確定即可。常見的限制性內切酶和基元一般都可以找到。你還可以編輯或者添加新限制性內切酶或基元。
進行引物設計時，點擊按鈕，界面如下：
進一步點擊按鈕，出現「search criteria」窗口，有多種參數可以調整。搜索目的（Seach For）有三種選項，PCR 引物（PCR Primers），測序引物（Sequencing Primers），雜交****（Hybridization Probes）。搜索類型(Search Type)可選擇分別或同時查找上、下游引物（Sense/Anti-sense Primer，或Both），或者成對查找（Pairs），或者分別以適合上、下游引物為主（Compatible with Sense/Anti-sense Primer）。另外還可改變選擇區域（Search Ranges），引物長度（Primer Length），選擇方式（Search Mode），參數選擇（Search Parameters）等等。使用者可根據自己的需要設定各項參數。如果沒有特殊要求，建議使用默認設置。然
後按，隨之出現的Search Progress 窗口中顯示Search Completed 時，再按，這時搜索結果以表格的形式出現，有三種顯示方式，上游引物（Sense），下游引物(Anti-sense)，成對顯示(Pairs)。默認顯示為成對方式，並按優劣次序（Rating）排列，滿分為100，即各指標基本都能達標（如下圖）。
點擊其中一對引物，如第1#引物，並把上述窗口挪開或退出，顯示「Peimer Premier」主窗口，如圖所示：
該圖分三部分，最上面是圖示PCR 模板及產物位置，中間是所選的上下游引物的一些性質，最下面是四種重要指標的分析，包括發夾結構（Hairpin），二聚體（Dimer），錯誤引發情況（False Priming），及上下游引物之間二聚體形成情況（Cross Dimer）。當所分析的引物有這四種結構的形成可能時，按鈕由變成，點擊該按鈕，在左下角的窗口中就會出現該結構的形成情況。一對理想的引物應當不存在任何一種上述結構，因此最好的情況是最下面的分析欄沒有，只有。值得注意的是中間一欄的末尾給出該引物的最佳退火溫度，可參考應用。
在需要對引物進行修飾編輯時，如在5』端加入酶切位點，可點擊，然後修改引物序列。若要回到搜索結果中，則點擊按鈕。如果要設計簡並引物，只需根據源氨基酸序列的物種來源選擇前述的八種遺傳密碼規則，反推至DNA 序列即可。對簡並引物的分析不需像一般引物那樣嚴格。總之，「Premier」有優秀的引物自動搜索功能，同時可進行部分指標的分析，而且容易 使用，是一個相當不錯的軟體。

Oligo 6.22 使用技巧簡介
1. 功能
在專門的引物設計軟體中，「Oligo」是最著名的。它的使用並不十分復雜，但初學者容易被其復雜的圖表嚇倒。Oligo 5.0 的初始界面是兩個圖：Tm 圖和ΔG 圖；Oligo 6.22 的界面更復雜，出現三個圖，加了個Frq 圖。「Oligo」的功能比「Premier」還要單一，就是引物設計。但它的引物分析功能如此強大以至於能風靡全世界。
2. 使用（以Oligo 6.22 為例）
Oligo 6.22 的啟動界面如下：
圖中顯示的三個指標分別為Tm、ΔG 和Frq，其中Frq 是6.22 版本的新功能，為鄰近6至7 個鹼基組成的亞單位在一個指定資料庫文件中的出現頻率。該頻率高則可增加錯誤引發的可能性。因為分析要涉及多個指標，起動窗口的cascade 排列方式不太方便，可從windows菜單改為tili 方式。如果覺得太擁擠，可去掉一個指標，如Frq，這樣界面的結構同於Oligo5.0，只是顯示更清楚了。
經過Windows/Tili 項後的顯示如圖：
在設計時，可依據圖上三種指標的信息選取序列，如果覺得合適，可點擊Tm 圖塊上左下角的Upper 按鈕，選好上游引物，此時該按鈕變成，表示上游引物已選取好。下游引物的選取步驟基本同上，只是按鈕變成Lower。∆G 值反映了序列與模板的結合強度，最好引物的∆G 值在5』端和中間值比較高，而在3』端相對低（如圖：）
Tm 值曲線以選取72℃附近為佳，5』到3』的下降形狀也有利於引物引發聚合反應。Frq 曲線為「Oligo 6」新引進的一個指標，揭示了序列片段存在的重復機率大小。選取引物時，宜選用3』端Frq 值相對較低的片段。
當上下游引物全選好以後，需要對引物進行評價並根據評價對引物進行修改。首先檢查引物二聚體尤其是3』端二聚體形成的可能性。需要注意的是，引物二聚體有可能是上游或下游引物自身形成，也有可能是在上下游引物之間形成（cross dimer）。二聚體形成的能值越高，越不符合要求。一般的檢測（非克隆）性PCR，對引物位置、產物大小要求較低，因而應盡可能選取不形成二聚體或其能值較低的引物。第二項檢查是發夾結構（hairpin）；與二聚體相同，發夾結構的能值越低越好。一般來說，這兩項結構的能值以不超過4.5 為好。
當然，在設計克隆目的的PCR 引物時，引物兩端一般都添加酶切位點，必然存在發夾結構，而且能值不會太低。這種PCR 需要通過靈活調控退火溫度以達到最好效果，對引物的發夾結構的檢測就不應要求太高。第三項檢查為GC 含量，以45-55％為宜。有一些模板本身的GC 含量偏低或偏高，導致引物的GC 含量不能被控制在上述范圍內，這時應盡量使上下游引物的GC 含量以及Tm 值保持接近，以有利於退火溫度的選擇。如果PCR 的模板不是基因組DNA，而是一個特定模板序列，那麼最好還進行False priming site 的檢測。這項檢查
可以看出引物在非目的位點引發PCR 反應的可能性。如果引物在錯配位點的引發效率比較高，就可能出假陽性的PCR 結果。一般在錯配引發效率以不超過100 為好，但對於特定的模板序列，還應結合比較其在正確位點的引發效率。如果兩者相差很大，比如在正確位點的引發效率為450 以上，而在錯誤位點的引發效率為130，那麼這對引物也是可以接受的。當我們結束以上四項檢測，按Alt+P 鍵彈出PCR 窗口，其中總結性地顯示該引物的位置、產物大小、Tm 值等參數，最有用的是還給出了推薦的最佳退火溫度和簡單的評價。
由於「Oligo」軟體的引物自動搜索功能與「Primer Premier 5」的相類似，並且似乎並不比後者更好用，在此不再贅述。其實，使用軟體自動搜索引物就是讓計算機按照人的要求去尋找最佳引物，如果參數設置得當將大大提高工作效率。
除了本地引物設計軟體之外，現在還有一些網上引物設計軟體，如由Whitehead Institute開發的「Primer 3」等（本網站http://210.72.11.60/ 已引進並調試好該軟體，歡迎使用）。該軟體的獨特之處在於，對全基因組PCR 的引物設計；可以將設計好的引物對後台核酸資料庫進行比對，發現並排除可引發錯配的引物。因此建議經常做全基因組PCR 的用戶試用。

⑵ pcr引物設計用什麼軟體好 有沒有免費下載的

http://www.mcb.uct.ac.za/pcroptim.htm
如果你能看懂英文，這個最准了。

⑶ 請問realtimePCR的引物怎麼設計

我建議你下載一個primer express 的軟體。做定量的引物比做普通PCR的引物要精細一些。用一般的引物設計軟體其實不是特別合適。這個軟體裡面應該還附帶說明書。不難學！
如果你是用sybr，那麼普通的設計軟體也可以，但是盡量不要有二聚體！
如果你是用taqman探針，我建議你用這個軟體。

⑷ 如何在線設計qPCR引物

設計引物原則
（1）引物最好在模板cDNA的保守區內設計；
（2）引物長度一般在15~30鹼基之間，過長會導致其延伸溫度大於74℃，不適於TaqDNA聚合酶進行反應；
（3）引物GC含量在40%~60%之間，Tm值最好接近72℃。引物的Tm值是寡核苷酸的解鏈溫度，一般計算公式Tm=4（G+C）+2（A+T）估計引物的Tm值；
（4）引物自身及引物之間不應存在互補序列。引物自身不應存在互補序列，否則引物自身會折疊成發夾結構使引物本身復性；
（5）引物應具有特異性。引物設計完成以後，應對其進行BLAST檢測。如果與其它基因不具有互補性，就可以進行下一步的實驗了；
（6）引物擴增長度：一般RT-PCR引物擴增長度在100-200bp,常規PCR擴增長度建議200-500bp。一般PCR產物達到2-3k長度也是可以的，但要考慮到可能引入突變，因此建議使用高保真的聚合酶。

⑸ 怎樣在線做PCR引物設計

網路輸入primer3，應該有2-4個網站可以設計引物，直接把序列放進去就可以了

⑹ 引物設計有哪些軟體呢有

primer5，primer6，primer express，beacon design，perlprimer，

還有在線的網站。

如果是設計定量PCR引物，可以參考網頁鏈接

⑺ 在線Primer3引物設計怎麼用

首先是看抄你設計的引物是干什麼用的 如果是用來做普通PCR檢測 或者 Realtime PCR的話 把mRNA序列拷貝進去 選擇相應大小 原則上講 普通PCR產物大小在250~600bp Realtime PCR的產物大小控制在100到200之間最好 最大不超過250 系統給出的引物對進行BLAST分析 選擇跨外顯子引物對
不需要太關心引物設計經典規則 比如末端不能有什麼鹼基 GC%是多少 Primer3自己的設計演算法非常好 及時設計出的引物有二聚體 發卡結構等絕大多數情況都不影響使用 甚至是非常好用
如果是擴則固定序列的話 基本不需要使用Primer3 看一下GC%比較平均 沒有連續重復序列的就可以了 這部分是另說

⑻ 引物設計的，軟體有哪些

primer 5,primer 6 ,beacon design, primer express
在線的有primer3
還有一些小的不出名引物設計軟體，perlprimer，
甲基化引物設計軟體methprimer（名字記得不是很清楚了）

⑼ pcr 的引物設計流程，和使用的網站或軟體

推薦斯坦福的在線引物設計工具：
http://www.yeastgenome.org/cgi-bin/web-primer3

⑽ 已知一個SNP位點，怎麼設計引物用在線的引物設計。

比如說用primer3，你就把找到的包括這個SNP的一段序列進去，在你的snp周圍用方括弧包括一段序列，然後讓primer3設計就可以了